Pour aller plus loin dans la normalisation des activités et la gestion de l'entreprise intégrée, Squalp fait référence au concept systémique de relations régissant la chaîne fonctionnelle pour proposer une architecture adaptée au métier de l’entreprise et en phase avec son environnement.

L’architecture Squalp s'élabore par rapport aux principes et aux objectifs généraux régissant le projet d'entreprise. En fonction des missions et des priorités, elle s'adapte au cycle de vie de l'entreprise caractérisé par des périodes de suractivité ou de consolidation.

Le résultat évident de cette démarche est l'obtention d'une chaîne fonctionnelle composée non pas d'un empilage de traitements, mais d'un ensemble de fonctions / maillons évoluant de manière dynamique.

Chaque maillon de la chaîne fonctionnelle correspond à une grande fonction du système Squalp, grande fonction elle-même décomposée en sous-fonctions du système global qu'est l'entreprise.

Les différents modules peuvent agir de façon autonome les uns par rapport aux autres. Néanmoins, de par leur finalité commune et de par leur organisation en maillons, ils se complètent et s'intègrent les uns par rapport aux autres. Chaque action de l'un en direction de l'autre provoque une réaction.

Ce découpage fonctionnel résulte d'une approche systémique. Il n'implique pas nécessairement l’acquisition et le déploiement de l’ensemble des modules constituant Squalp, sachant en outre que certains sous-systèmes sont fortement interdépendants.